Latvijas Zaļās partijas vadību veic divi līdzpriekšsēdētāji, kurus uz četriem gadiem ievēl Kongress. Katrs no līdzpriekšsēdētājiem ir tiesīgs izteikt partijas viedokli politiska rakstura jautājumos.

Latvijas Zaļās partijas Valde sastāv no pieciem valdes locekļiem, kurus uz diviem gadiem ievēl partijas Kongress. Viens no Valdes locekļiem kongresa laikā tiek ievēlēts par Valdes priekšsēdētāju. Valdes priekšsēdētājs ir tiesīgs pārstāvēt partiju attiecībā pret trešajām personām saskaņā ar Valdes lēmumie. Valdes priekšsēdētājam ir pienākums nodrošināt partijas darbību atbilstoši normatīvajiem aktiem. Valdes locekļi partiju pārstāv kopēji. Valdes sēdes tiek sasauktas pēc vajadzības, bet ne retāk, kā vismaz reizi divos mēnešos un Valdes sēdes ir atklātas. Valdes kompetencē ir lemt par visiem partijai aktuāliem jautājumiem.

LZP Domes sastāvā ietilpst divi partijas līdzpriekšsēdētāji, LZP Valdes locekļi, kongresa laikā ievēlētie domnieki (to skaitu nosaka kongress), LZP nodaļu vadītāji, Saeimas un pašvaldību deputāti. LZP Domi sasauc partijas līdzpriekšsēdētāji vai Valde nepieciešamības gadījumos, lai lemtu par partijai svarīgiem jautājumiem. Domes pieņemtajiem lēmumiem ir rekomendējošs raksturs. LZP Domes galveneie pienākumi ir pārraudzīt LZP politisko darbību, izskatīt biedru sūdzības un apelācijas, ieteikt partijas organizatorisko un politisko institūciju amatiem piemērotas kandidatūras. Domei ir tiesības ierosināt padomju izveidošanu, sniegt politiska rakstura rekomendācijas un atzinumus, pieprasīt no Valdes atskaites par tās darbību.

Latvijas Zaļās partijas biedri var apvienoties nodaļās. Nodaļu minimālais biedru skaits ir septiņi biedri. Nodaļu var veidot arī pēc interešu principa. Nodaļa ievēl nodaļas vadītāju, kas pārstāv nodaļu kontaktos ar citām partijas struktūrvienībām, sabiedriskām un valsts organizācijām. Nodaļas galvenais pienākums ir koordinēt konkrētās teritorijas biedru grupu, tādā veidā nodrošinot informācijas apriti starp LZP biroju un šīm biedru grupām.

Atsevišķu Latvijas Zaļās partijas pasākumu plānošanai un izpildei tiek izveidotas LZP Padomes. Padomju izveidošanu apstiprina Valde, savukārt Padomes priekšsēdētājs formē padomes sastāvu, kuru apstiprina Valde.